Il percorso museale si sviluppa a partire dalla sezione archeologica. Il Museo Diocesano ospita, tra le altre, una sezione archeologica, che raccoglie materiale di età neolitica e preromana in buona parte proveniente dall’insediamento preistorico del Pulo di Molfetta. I reperti furono raccolti dall’Arciprete Giuseppe Maria Giovene, sacerdote “illuminista” appassionato di studi scientifici e naturalistici, e donati poi dallo stesso al Seminario Vescovile nell’800 insieme ad una collezione di mineralogia, di storia naturale, di antiche monete e vasi italo-greci, oltre ad un cospicuo fondo librario. La collezione archeologica mette insieme una serie di ritrovamenti che testimoniano il vissuto quotidiano del villaggio neolitico sorto sul ciglio della dolina: resti di intonaco di capanna e frammenti di ceramica impressa, incisa e dipinta, punte di selce utilizzate per la caccia e l’agricoltura e pesi da telaio.

Segue la galleria dei paramenti liturgici che rivelano l’evolversi della manifattura tessile dal XVII al XIX secolo; il lapidarium custodisce frammenti provenienti dall’antico Duomo; due sale ospitano le antiche statue della Settimana Santa molfettese ed una raccolta di reliquiari risalenti al Seicento. Al primo piano s’impone la monumentale Biblioteca del Seminario Vescovile che custodisce manoscritti, incunaboli, cinquecentine ed alcuni testi a stampa risalenti al ‘600 e ‘700. Il percorso della Pinacoteca si sviluppa a partire dall’antica pala d’altare attribuita al Cardisco e si dipana tra le opere d’influenza napoletana, con particolare riferimento alla lezione caravaggesca, rappresentata da artisti raffinatissimi quali Bernardo Cavallino, per giungere ai dipinti del celebre esponente del barocco internazionale, Corrado Giaquinto e dei suoi allievi. L’esposizione termina al secondo piano con la Sala del Tesoro che raccoglie preziosi arredi sacri ed una raccolta d’arte contemporanea.

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